Der gebürtige Trierer sammelte am dortigen Stadttheater erste Bühnenerfahrungen und liess sich am Staatstheater Stuttgart privat ausbilden. Er gastierte bei zahlreichen Konzertchören und Festspielen. 1991 folgte ein Festengagement am Staatstheater Kassel als Chorsänger mit kleineren Solorollen.

Seit sechsundzwanzig Jahren ist er Mitglied des Operchors des Theater Basel, seit fünfzehn Jahren Leiter des Chorbüros, er war Initiator des Opernchorpraktikums und daraus hervorgehend Gründer und administrativer Betreuer der neuen OpernChorAkademie (OCA) des Theater Basel für junge Sänger_innen. Ausserdem war Hendrik J. Köhler lange Jahre Mitglied der Festspielchöre Bayreuth, Avenches und der Züricher Singakademie und ist seit Langem Solist im Tourneetheater «opera classica» sowie seit 2009 regelmässig Teil des Solistenensembles der Oper Schloss Hallwyl.